不过有两件事导致了北伐无法在继续。

第一件发生在四川，唐继尧为了控制四川抬了蔡锷，而蔡锷的确很有作用，一下就把四川那些大大小小的军阀们都镇住了，可问题是蔡锷的不太好。南京政府组阁后，杨洪森派专机将蔡锷接到了南京，这是杨洪森对他的看重，期间他了一些手脚，其在上海治疗时被诊断有严重的疾病可能会导致其死亡，洋大夫建议其到医疗条件更好的欧治疗，杨洪森自然将此事报知孙中山，孙中山亲自了解了蔡锷的病情，据医疗小组建议准备至国治疗，军政府还专门划拨了一笔款，杨洪森更是派人与国支同志联络。唐继尧担心南京政府打四川的注意，所以暗中指示四川地诸将挽留，这让孙中山大为恼火，在他看来蔡锷如果继续留任，非死在都督任上。杨洪森几句话就明了其中了缘由，孙中山轻叹一声，以南京军政府名义，让唐继尧兼任四川都督，北洋政府也同样的任命。唐继尧没有蔡锷那威信，四川诸将都不吊他，他不得诉诸于武力，这使得第一方面军彻底无法参与北伐活动。

南京政府成立后首先要解决的问题是得到英、法、、日等国的外认可。不过在段祺瑞扶黎元洪后，南京政府就变得极为尴尬了，这也是为什么当初杨洪森反对筹建南京政府的原因，在那些西方国家中北洋才是正统。

陈炯明非常清楚孙中山发起火来事态会很严重，陈炯明自然打不过陆荣廷，他一方面向孙中山去电请罪，一方面通电下野准备回香港。可是香港他哪里能会的去，社会的那些人拿着孙中山的手谕到了香港后，上布控着手抓捕叛党、叛国、叛军的陈炯明，在友人的提前告知下陈炯明只逃亡澳门，社会的人随之到达澳门，陈炯明只好逃亡南洋，可以在南洋他更待不下去，只好一路南逃至澳大利亚。

总统，而且扶了黎元洪，对于第二次山黎元洪信心不足。而1915年12月12日孙中山在南京就职大总统，并组建了南京军政府，他这个总统能不能当还要看孙中山的意思，即使他当选为总统，他还需要解决另一个问题段祺瑞，他可不甘心从袁世凯的傀儡变成段祺瑞的傀儡。

孙中山也在思考着两个问题：一、北伐是否还要继续，毕竟袁世凯死了，帝制取消了。二、是否取消南京政府，现在各国均只承认北洋政府。政府内要求继续北伐的声音很，杨洪森却不支持北伐。政府内反对取消南京政府的议员很多，杨洪森却力主取消以迎合西方各国。

陆荣廷为了防止南京方面介广东事务首先起兵。

宋教仁的死把陈炯明吓的不轻“你说他不好好在军政府内待着，来个劲啊。”

这件事的后续是，陆荣廷独占了广东，他虽然支持南京政府，便是却以各借反对北伐。

到此为止，北伐三路大军只剩下杨洪森这一路，孙中山对于他们的背约十分不满，而杨洪森趁机向孙中山推销起“攘外必先安内”的方略来。

南京政府中杨洪森控制着地方和军队，那些资党员则控制着政府，他们之间暗战不断，但是杨洪森自有办法收拾他们。

陈炯明不好的预在其夺取广州后几日应验。孙中山在南京极其愤慨的通电讨伐陈炯明。

第二件事比起蔡锷去国治疗那就严重多的多。惠州陈炯明对广州兵变，袭击军政府，自称广东都督。北京这次的反映很快，段祺瑞命令广西陆荣廷发兵讨陈。南京知这个消息还是在黄兴逃回福州之后。国民党重要人宋教仁在广州兵变被陈炯明手下的士兵枪打死。宋教仁的亡绝对是一场意外，陈炯明没有下达过杀宋教仁指示，但是宋教仁太过刚烈围攻当日，只前往劝退陈叛军，结果被杀广州城的叛军打的全血孔。